科学家将土壤 RNA 映射到真菌基因组以了解森林生态系统

如果森林里有一棵树倒下——无论是否有人注意到声音——有一点是肯定的：周围有很多真菌。在森林的土壤中，数百种物种分解残骸，从腐烂中吸收养分，并将这些养分输送到树根和土壤。这些真菌有助于塑造森林的生态。它们储存碳并循环氮和磷等关键营养物质。

这样，森林土壤的真菌就掌握了树木健康和碳储存的关键——随着气候变暖，这些技能变得越来越重要。然而，这些都是复杂的相互作用，需要理清。真菌通过合作来支持森林，而地球生态系统中的物种也各不相同。

最近，在《新植物学家》上发表的研究中，研究人员开创了对哪些真菌在森林地面发挥某些功能的新认识。他们第一次比较了一系列不同地点的三个不同的真菌行会。他们对四个森林生态系统的土壤进行了采样，提取了 RNA 以了解基因表达，并开发了新工具将土壤 RNA 映射到真菌基因组。

美国能源部 (DOE) 联合基因组研究所 (JGI) 是能源部科学用户设施办公室，位于劳伦斯伯克利国家实验室 (伯克利实验室)，为本项目对土壤 RNA 的 1 万亿个碱基(1 兆碱基)进行了测序，并产生了允许绘制这些 RNA 读数的参考基因组。 “目前，这是迄今为止最大的 JGI 测序真菌宏转录组，”JGI 真菌基因组学项目负责人 Igor Grigoriev 说。

随着对多种森林系统的进一步了解，这项工作建立了可供世界各地其他团队使用的协议和管道。

这些工具为研究人员提供了一种获取有关这些环境中真菌的更多信息的方法。 “现在有了这些新工具——元转录组学、土壤 RNA 测序——我们可以访问——”他们在做什么?它们如何相互作用?’”国家农业、食品和环境研究所 (INRAE) 名誉研究主任、资深作者弗朗西斯·马丁 (Francis Martin) 说道。